陽明大學腦科學研究所由謝仁俊教授於2003年提出申請，2005年9月獲教育部核准成立碩士班招收臨床醫學組與神經資訊 組學生，正式於2006年八月開始運作，座落於陽明大學最新建築圖書館資訊大樓八樓。博士班亦於2007年經教育部核准，將於2008年開始招生。現任所長為郭博昭教授，將偕同全所師生一同為本所的健全發展努力，戮力使本所成為國際頂尖研究單位。

本所強調整合跨領域科技，解答神經-精神疾病的問題，開創腦科學研究新領域。

特色-理論與實務並重，工學、生物、醫學並行，全方位進行腦神經研究。

在學術發展及課程規劃上，本所劃分成三大組：
臨床醫學組：以功能性磁振造影、全頭型腦磁波儀、多頻道腦電波儀、多頻道顱內神經電位記錄儀等先進神經影像與功能檢查工具，進行神經及精神疾病相關之機理探討及臨床應用研究。
神經資訊與造影組：結合神經資訊、造影與工程進行腦功能與結構之整合研究與應用，積極發展各種腦神經資訊庫及知識庫、分析式與模型化之研究分析工具及計算模型。
實驗神經組：結合生理學、分子細胞生物學及系統生物學之基礎神經科學領域，以非侵體式人體實驗、動物模型與細胞培養方式探討睡眠生理、心率變異、神經退化與神經保護之機轉。

培育腦神經科學之研究人才，為此腦科所從下列幾大方面進行：
1. 培育資訊專業人才從事醫學相關的跨領域研究，使能與從事腦科學的學者溝通，又能撰寫軟體以分析醫學影像與訊號資料，並在短期內能跨入腦科學領域，利用資訊科技有效率地將大腦影像與訊號資料轉換成資訊，進而開發出跨領域的腦科學知識，使神經資訊科研得以在教育、研發及臨床應用各方面推展；此乃是腦科學研究競爭力最大的關鍵，更可發展出高科技之生物科技醫療產業。
2. 培養臨床醫師或認知神經科學人員使其具備資訊科學知識及研究技能，能針對相關臨床問題進行深入研究，藉此開發腦神經科學之先進診療技術及研究主題；如此雙向或多向互動式跨領域教學及研究的整合正是目前個別領域間融合的積極發展模式。
3. 培養國內各大教學醫院臨床影像檢查所非常缺乏之醫學影像科技人才，提昇國內相關資訊醫療科技及研發水準。